Poplave sa sobom nose potencijalnu opasnost od značajnog pogoršanja higijensko-epidemioloških prilika i mogućnost pojave i širenja zaraznih bolesti.
Najvećem zdravstvenom riziku su izložene najosjetljivije grupe stanovništva (djeca, trudnice, hronični bolesnici i stariji ljudi).
Iz Instituta za zaštitu zdravlja RS-a stoga upozoravaju da pojava poplave nosi rizik od zaraznih bolesti, jer često dolazi do prekida snabdijevanja vodom i otklanjanja otpadnih materija, kao i do izlijevanja kanalizacije.
Oštećene vodovodne i kanalizacione cijevi povećavaju mogućnost kontaminacije vode za piće. Zagađenom vodom i hranom prenose se crijevne i kožne zarazne bolesti, parazitarne bolesti itd.
Povećan broj glodara i zmija za vrijeme poplava predstavlja rizik za zdravlje, a velika stajaća vodena površina omogućava razmnožavanje komaraca i drugih insekata, koji prenose uzročnike niza oboljenja.
Za vrijeme i nakon prirodnih katastrofa velika je opasnost od povređivanja. Opasnost predstavljaju srušene električne instalacije, vodom namočene električne utičnice, prekinute plinske cijevi i veliki komadi krhotina.
Za vrijeme poplave neophodno je provođenje mjera kojima se sprečava širenje zaraznih bolesti putem zagađene vode i hrane, kao i mjera koje se odnose na ličnu higijenu, higijenu predmeta i mjesta stanovanja.
Voda za piće može biti zagađena u poplavljenim područjima, zbog toga vodu sa slavina, individualnih bunara ili izvora ne treba piti dok se voda ne ispita i dok se ne daju odgovarajuće preporuke. Preporučuje se da se konzumira flaširana voda.
Voda se pravilno prokuvava tako što se ostavi da ključa najmanje minutu, kako bi se uništile sve bakterije, a zatim se prohladi i koristi u toku istog dana.
Prokuvavanje vode imaće efekta ako je voda samo mikrobiološki zagađena.
Ako je voda zagađena hemikalijama, prokuvavanje je neće učiniti prikladnom za piće i takva voda se ne smije koristiti. Ukoliko se voda za piće dezinfikuje, dezinfekciju vršiti prema uputstvu za doziranje, zavisno od dezinfekcionog sredstva.
Higijenski neispravna voda se ne smije upotrebljavati ni za pranje suđa, zuba, lica, ruku, pranje i pripremu namirnica i pravljenje leda.
Neophodno je održavanje lične higijene, naročito često pranje ruku sapunom (prije jela, nakon korištenja toaleta, nakon čišćenja naplavnog otpada i nakon rukovanja predmetima koji su došli u kontakt sa poplavnom ili kanalizacijskom vodom).
Posebnu pažnju treba obratiti na čistoću ruku kod djece i starijih osoba.